Program studi matematika berdiri setelah FMIPA mendapatkan Surat Keputusan Pendirian dari Menteri Pendidikan dan Kebudayaan pada 1998, tetapi proses berdirinya Prodi Matematika sudah dimulai sejak Lokakarya ilmu-ilmu dasar di UNSRAT pada tahun 1989. Pada tahun 2002 Prodi Matematika mendapat izin dari kementerian dengan terbitnya SK Dirjen Dikti No. 3707/D/T/2002, kemudian diperpanjang dengan SK Dirjen Dikti No. 2263/D/T/2005 tanggal 11 Juli 2005.
Pada tahun 2008 Prodi Matematika di akreditasi oleh BAN-PT dan memperoleh peringkat “B” berdasarkan SK BAN-PT No. 001/BAN-PT/Ak-XII/S1/III/2009, tanggal 13 Maret 2009. Pada tahun 2014 Prodi Matematika memperoleh peringkat “A”, kemudian tahun 2019 sampai 2024 dengan Peringkat “B”.