Fakultas MIPA Unsrat didirikan berdasarkan SK Mendikbud RI No. 0456/O/1998 tertanggal 26 Februari 1998. Fakultas ini merupakan fakultas ke sepuluh di Unsrat setelah Fakultas Kedokteran, Fakultas Teknik, Fakultas Pertanian, Fakultas Perikanan & Ilmu Kelautan, Fakultas Peternakan, Fakultas Ekonomi, Fakultas Sosial dan Ilmu Politik, Fakultas Hukum dan Fakultas Sastra. Gagasan untuk mendirikan FMIPA ini telah dirintis sejak dilaksanakannya Lokakarya Ilmu-ilmu Dasar di Unsrat pada bulan Mei 1989 atas prakarsa Dekan Fakultas Pertanian pada saat itu Dr. Ir. J. Warouw. Hasil lokakarya ini menyimpulkan bahwa perlunya suatu wadah untuk pengembangan ilmu-ilmu dasar di Unsrat.
 
Untuk menindaklanjuti hasil lokakarya ini, dibentuk Komisi Pengembangan MIPA yang diwujudkan dalam SK Rektor tahun 1989. Pada tahun 1990 diadakan lokakarya ke-2 tentang MIPA yang menyarankan bahwa diperlukan peningkatan pemantapan Komisi MIPA. Dalam program peningkatan pemantapan komisi MIPA ini dirumuskan uraian tugas dari 3 bidang yang ditangani oleh 3 wakil ketua. Hal ini ditetapkan dengan SK Rektor No. 74a/PT15/I/1990.

Lokakarya ke-3 MIPA pada tahun 1991 menyarankan agar istilahKomisi diganti dengan badan yang berfungsi mengelola perangkat lunak dan perangkat keras pendidikan MIPA serta menyiapkan pembentukan Fakultas MIPA. Hasil lokakarya ini diwujudkan dengan perubahan SK Rektor tahun 1990 menjadi 2 SK yang terdiri atas SK Pembentukan Badan dan SK Pengangkatan Tenaga Pengajar untuk 1 (satu) tahun ajaran atau 1 (satu) semester. Keputusan lain dalam lokakarya ini ialah menyarankan kepada Unsrat agar mata ajaran-mata ajaran MIPA dialihkan pengelolaannya dari fakultas-fakultas eksakta ke Badan MIPA mulai tahun ajaran 1991/1992. Berdasarkan SK Rektor No. 09/PT15/Q/1993, Badan MIPA kemudian diubah menjadi Unit Pelayanan Pendidikan MIPA (UPP-MIPA). Sebelum diterbitkannya SK Rektor, Badan MIPA telah menerima 2 gedung bekas IKIP Manado yang terletak di Jl. Kampus Selatan pada bulan April 1992 untuk dijadikan kantor UPP-MIPA dan tempat perkuliahan mata ajaran-mata ajaran MIPA. Sejak tahun ajaran 1992/1993 pelayanan terhadap fakultas-fakultas eksakta di lingkungan Unsrat, khususnya Fakultas Pertanian, Fakultas Peternakan dan Fakultas Perikanan, telah memanfaatkan ruang-ruang perkuliahan di komplek MIPA tersebut.
 
Pelaksanaan pengembangan UPP-MIPA dipercayakan kepada UPBI-MIPA berdasarkan SK Rektor No. 124/PT15/H/1995 pada tahun 1995. Fungsi ini kemudian dialihkan ke Fakultas MIPA Unsrat setelah dilantiknya Dekan, Pembantu-Pembantu Dekan, Kepala Bagian dan Kepala-kepala Sub Bagian FMIPA pada tanggal 3 September 1998. Pada tahun 1999 FMIPA menerima beberapa gedung yang terletak di Jl. Kampus yang sebelumnya ditempati oleh Fakultas Kedokteran dan Kantor Pusat Unsrat. Gedung-gedung tersebut kemudian dimanfaatkan sebagai perkantoran Fakultas MIPA serta ruang perkuliahan dan laboratorium. Pada awal tahun 2008, kantor FMIPA dan semua jurusan menempati gedung lama di sebelah Fakultas Pertanian, kecuali untuk Laboratorium Dasar dan Laboratorium Advance yang tetap berada di depan Gedung Rektorat Unsrat.